Vì những xung đột nội bộ, các thành viên của Công ty Kỳ bí là Fred, Velma và Daphne quyết định ra đi, để lại Shaggy và chú chó Scooby-Doo.

Hai năm sau, tất cả các thành viên trong nhóm cùng nhận được giấy mời của ngài Emile Mondavarious đến Đảo Kinh Dị (Spooky Island) để điều tra những sự việc bí ẩn xảy ra tại khu giải trí này. Fred, Velma và Daphne vẫn xích mích với nhau và quyết định tự khám phá những bí ẩn của hòn đảo bằng cách riêng của mình. Còn Shaggy và Scooby-Doo thì đơn giản cho rằng đây là một chuyến đi vui chơi thỏa thích và quan trọng nhất là được ăn thật nhiều. Shaggy nhanh chóng bị cuốn hút bởi cô gái xinh đẹp Mary Jane, nhưng ngay sau đó, Scooby-Doo bị lừa và suýt bị quái vật bắt. Cả nhóm Shaggy, Scooby, Fred, Velma và Daphne lần theo những đầu mối khác nhau và cùng bất ngờ gặp nhau tại pháo đài kinh dị trên đảo. Fred và Velma tìm thấy một cuộn băng hình giống như một chương trình tẩy não, còn Daphne thì khám phá ra một vật tạo tác bí hiểm. Cả nhóm bị những kẻ xấu lạ mặt truy đuổi nhưng sau đó trốn thoát bằng cách giả trang thành những bộ trang phục.

Tối hôm đó, những tên quái vật bất ngờ tấn công vào khách sạn và bắt đi rất nhiều du khách, trong đó có Fred và Velma. Sáng hôm sau, mọi thứ trở lại bình thường, Shaggy và Scooby gặp Fred và phát hiện ra anh đã bị biến thành một thây ma, tức linh hồn bị hút ra và đựng vào một bể chứa, còn thay thế cho thân xác Fred là một con quỷ. Shaggy và Scooby cùng với Mary Jane chạy thoát nhưng khi đang trên đường, Scooby phát hiện ra Mary Jane cũng là một thây ma giống Fred. Scooby và Shaggy tranh cãi với nhau và Scooby bị ngã xuống một cái hố sâu. Daphne không lâu sau đó cũng bị bắt và biến thành thây ma.

Shaggy tìm ra bể chưa linh hồn của những người khách du lịch và giải cứu linh hồn cho Fred, Velma và Daphne. Linh hồn của Velma trở lại thân xác của mình và phát hiện ra rằng những con quỷ này không thể sống được dưới ánh mặt trời mà phải mượn thân xác của con người để sống. Sau đó, cả bốn người bạn dùng vật tạo tác có phép thuật để trao đổi linh hồn vào đúng thân xác của nhau (trước đó linh hồn Fred rơi vào thân xác Daphne và người lại). Cả bốn lại trở nên thân thiết như xưa. Cả hội khám phá ra rằng quỷ dữ sẽ cai trị thế giới trong 10.000 năm tới và để làm được điều đó, chúng cần rất nhiều linh hồn của con người và một linh hồn hoàn toàn trong sạch, đó chính là Scooby-Doo.

Cả nhóm ngay lập tức bắt tay vào việc giải cứu chú chó. Ông Mondavarious, chủ của khu công viên Đảo Kinh Dị hóa ra lại là kẻ chủ mưu thực hiện âm mưu này. Shaggy giải cứu Scooby còn Fred và Velma thì vượt qua những tên trợ thủ của Mondavarious. Hai người khám phá ra ông Mondavarious hóa ra là một con robot và kẻ điều khiển lại chính là Scrappy-Doo, cháu họ của Scooby-Doo. Scrappy âm mưu trả thù Công ty Kỳ bí vì cả nhóm đã bỏ rơi con chó vài năm trước vì nó quá kiêu căng và phách lối. Trong khi đó, Daphne dùng võ thuật hạ một tên trợ thủ trên mái nhà, khiến hắn rơi xuống và đưa ánh sáng tràn vào. Các linh hồn được giải thoát và bọn quỷ bị tiêu diệt, ngoại trừ Scarappy-Doo. Cuối cùng, Scrappy bị Shaggy biến lại thành một con chó con. Cả đội nhanh chóng giải thoát cho ông Mondavarious thật bị giam giữ và Scrappy bị tống vào tù. Kết thúc bộ phim là cảnh các thành viên của Công ty Kỳ bí vui vẻ bên nhau trên khu du lịch Đảo Kinh Dị.